Dużym atutem oczyszczania wodorowego jest fakt, że zabieg wyróżnia się bezinwazyjnością, brakiem efektów ubocznych i niewielkim spektrum przeciwwskazań. Przeszkodą do wykonania zabiegu może być m.in. nadwrażliwość cery oraz jej stany zapalne. Za przeciwwskazania uznaje się także nowotwory, alergie, cukrzycę, epilepsję i nadwrażliwość na działanie prądu, aktywną opryszczkę i elementy medyczne i elektroniczne obecne w ciele. Zabiegu nie przeprowadza się też u kobiet w ciąży i podczas karmienia piersią.